經過多年及大量的實驗經驗總結，即使在冷凍干燥結束時保持了產品原有的化學結構或性狀，但經過長期儲存后，仍然可能影響產品品質。其實中影響因素包括：

1.蛋白質凝集：蛋白質凍干產品在儲存過程中主要會發(fā)生變性，而導致蛋白質變性的原因主要來自于溫度的變化。所以蛋白質產品需要長期低溫保存，即使在室溫中也容易產生蛋白質凝集。

2.脫酰胺作用：食物蛋白，人體蛋白等多種蛋白中含有酰胺基團，例如當高溫條件下，蛋白側鏈酰胺基團脫去轉變?yōu)轸然?/span>

3.非酶褐變：由碳水絡合物經過長期儲存后，顏色變深，且蛋白質失活較嚴重，復水后也無法還原產品最初性狀。

4.氧化反應：僅管在產品冷凍干燥過程中可以使用真空包裝的玻璃瓶，但瓶中仍然存有極少量氧氣，在長期儲存過程中，會導致產品氧化。

水解作用：雖然凍干產品中的水分極低，但仍然在儲存過程中可能發(fā)生水解作用。